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Les Calanques sont inscrites en Zones Naturelles d'Intérêt Ecologique Floristique et Faunistique (Z.N.I.E.F.F).
Elles abritent plus de neuf cents espèces végétales sur les quatre mille espèces recensées en France. Certaines espèces sont rares comme la gouffeïa arenari : herbe de M. Gouffé, qui ne pousse que de Marseille à Toulon et principalement dans les Calanques.
La végétation est capable de résister aux embruns, aux vents violents, au sel, à l'aridité mais subit une dégradation constante.
Autrefois, les Calanques étaient peuplées de chênes verts, qui recouvraient l'ensemble du massif. Sa dégradation se fit petit à petit par les paturages des troupeaux de chèvres et moutons, les constructions diverses utilisant le bois, les divers incendies ...
La forêt de chênes verts fut réduite à néant pour laisser place à la garrigue puis à la roche nue. Les incendies à répétition achevèrent le processus.
Aujourd'hui les bosquets restants sont composés de pins d'aleps, de pins pignons, de chênes lièges et de quelques chênes verts. Ailleurs les chênes verts ont laissé leurs place au chêne kermès, à la bruyère, au romarin, au thym, au genevrier rouge, lilas d'espagne...
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